MIB 3 se desvela el secreto de K

Al igual que en las entregas anteriores la trama del largometraje se centra en la amenaza inminente al planeta por una raza invasora que quiere aniquilar la tierra a la que pertenece Boris el animal, ser destructor lleno de rencor que permaneció encerrado durante años en prisión, escapará para consumar su venganza contra su captor.

El despiadado villano viajará al pasado con el propósito de acabar con el agente K antes de que lo detenga, cambio en el futuro que evitará su captura y la extinción de toda su raza, consumando así la invasión del planeta que tendrá que evitar su compañero.

J tiene que viajar a través del tiempo para evitar la muerte de K y así salvar al planeta de un ataque inminente, hechos sorprendentes que esclarecerán acontecimientos que se suceden en el presente y que le atañen directamente, surgirán al final de la película para desvelar el secreto guardado durante años por Tommy Lee Jones desde que comenzó  la trilogía.